El único carácter común de todos los agnatos, es la ausencia de mandíbulas.
Los agnatos actuales tienen aspecto de anguila, carecen de escamas y tienen una piel mucosa y resbaladiza.
Los agnatos anteriores eran de aspecto muy diferente a las especies agnatas actuales; muchas tenían fuertes escudos óseos en la cabeza que les protegerían de los depredadores y estaban cubiertos de escamas.