La lluvia ácida suele añadir azufre o nitrógeno al agua, con lo que el problema no tiene fácil solución. Parece que la respuesta que se busca es más simple y basada en el concepto ácido-base.
En ese caso la solución sería basificar el medio, añadiendo una base débil que pudiera compensar la acidificación que ha sufrido el agua. También se podría probar con muy pequeñas cantidades de base fuerte, como el hidróxido de calcio, para conseguir aumentar el pH y además retirar parte del azufre del agua por precipitación.
Espero que te sea de ayuda la respuesta.